悲傷的愛德華和阿爾馮斯兩兄弟,試圖利用煉金術中最大的禁忌——人體煉成術救活撒手人寰的母親,誰知卻遭遇巨大的災難。失去身體的阿爾馮斯,其靈魂被封禁在鎧甲中,愛德華則以自己的右臂和左腳為代價,迫使弟弟止步冥國門前。許多年後,愛德華(山田涼介飾)成長為這個國家中最年輕的鋼之煉金術師,他與弟弟(水石亞飛夢配音)上下一心,共同奔跑在尋找賢者之石的道路上。與此同時,神秘的人造人拉絲特(松雪泰子飾)、恩維(本鄉奏多飾)盤桓這個國家的角落,她們策劃者恐怖的勾當,一時間上空陰雲密布……本片根據荒川弘的原作漫畫改編。