19年後,印第安納瓊斯博士(Harrison Ford飾)再次啟程,旨在將埃克托王國遺失的水晶骷髏頭骨歸還原地——傳說中,歸還聖物者將被賜予巨大力量。在瓊斯的老友奧克斯發現水晶頭骨前,這一切還只是傳說。可奧克斯之後卻不知何故喪失了心智,並落入蘇聯特工隊的手中。為首的冷酷女間諜艾瑞娜(Cate Blanchett飾)深深著迷於所謂的神秘力量,她脅迫瓊斯一行人與其共同前往亞馬遜流域,找尋失落的黃金城埃克托王國。在秘魯密林,瓊斯等人和蘇軍展開酣暢淋漓的戰鬥,其間還伴隨著沼澤、食人蟻、原始土著攻擊等致命威脅,在他們歷經千難萬險,最終踏入密室的那一刻,世界上最奇異的景象出現了……