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經過南國小島上和鷹岡的決鬥，3年E班的各位與殺老師（福山潤配音）的關係進一步拉近。雖然暗殺活動仍在繼續，然而這似乎已經變成了師生之間互動玩樂的重要環節。以茅野楓（洲崎綾配音）為代表的學生們又開始策劃更加精彩的暗殺陷阱。除此之外，他們幫助比琪老師（伊藤靜配音）追求烏間惟臣（杉田智和配音），又或者磨刀霍霍與A班的精英們展開榮譽與尊嚴之戰。與此同時，白先生帶領堀部系成（緒方惠美配音）卷土重來，而神秘的死神則將E班推向各位兇險的境地。隨著最後期限一天天逼近，殺老師和學生們的關係變得愈加微妙……
