穆德(David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾)被外星反叛者劫持,而斯科莉(Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾)亦同時發現自己懷有身孕。穆德的辦公室被搜查,斯科莉請求Skinner(Mitch Pileggi 飾)幫助尋找搭檔,孤槍俠也參與進來。FBI高層則派出探員約翰•多格特(Robert Patrick 羅伯特•帕特立克 飾)協助調查,但兩個人的初次會面不歡而散。調查局發現穆德的單位密碼和信用卡在失蹤後的幾天都有使用紀錄,甚至發現了刻有穆德生卒年月的墓碑。多格特認為穆德假裝失蹤,以便盜取資料獨自調查。案情愈加撲朔迷離……