元軍攻打日本之際,中國大陸的妖怪為了得到死者魂魄亦東渡日本。在這裡,他們遭遇了犬夜叉的父親鬥牙王。經過一番艱苦鏖戰,大陸妖怪最終被封印在鬥牙王的牙齒中。
時間回到戰國時代,四魂之玉的一枚碎片飛到不歸之森,喚醒了大陸妖怪首領之子瑪瑙丸。為了解開被鬥牙王牙齒所封印的力量,瑪瑙丸派隨從琉璃、玻璃將犬夜叉一行人引到不歸之森,並誘使犬夜叉用鐵碎牙斬斷結界。結界消失,被封印上百年的力量開始復活,瑪瑙丸變得愈加強大。與此同時,玻璃和琉璃分別奪去了珊瑚的雲母和法師的風穴,使犬夜叉一方陷入苦戰;另一方面,戈薇的意識被瑪瑙丸控制,她迫不得已用箭再次將犬夜叉封印,之後更被桔梗推入枯井,穿越時空回到了現代……