1930年代,以歐洲為中心突然出現的人類之敵“涅洛伊”能夠對抗以通常的兵器難以破壞的涅洛伊的,只有被稱作魔女的、擁有特殊魔法力的少女們而已……。1944年9月,在以第501統合戰鬥航空團“Strike Witches”為中心的聯合軍活躍之下,高盧共和國上空的涅洛伊巢穴消滅,歐洲西部的安全得到了確保。以此為機,聯合軍開始正式計劃對歐洲中央—東部方面的反抗作戰。在歐拉西亞帝國彼得堡構築了基地的,第502統合戰鬥航空團“Brave Witches”也被下達了出擊的命令。背負人類的希望,充滿勇氣的魔女們,在東歐的寒空中巡航。