故事發生在明朝萬歷年間,德高望重受人敬仰的楚留香(朱孝天 飾)來到雲來客棧,尋找天下第一美女魚尺素,同在客棧的還有身為各門派幫主的左又錚、西門千,以及龜茲王爺紮木合等人。災難忽然降臨,客棧的一幹人等均因為中了“天一神水”的毒而不治身亡。神水宮的宮南燕指認楚留香是幕後黑手。為了洗清身上的不白之冤,為魚尺素報仇,楚留香開始調查事件的真相。
在此過程中,楚留香結識了同樣想替父親札木合報仇的蘇蓉蓉(胡靜 飾),在聯手尋找線索的過程之中,蘇蓉蓉漸漸傾心於風流倜儻的楚留香,然而楚留香心中愛慕的卻是琳娘(秋瓷炫 飾),殊不知琳娘在她俠骨柔情的背後隱藏了一個驚人的秘密。