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X檔案關閉後,穆德(David Duchovny 大衛•杜楚尼 飾)和斯科莉(Gillian Anderson 吉蓮•安德森 飾)被分開。穆德受命執行監聽工作,斯科莉則回到學院讀書。某日國會議員麥特森(Raymond J. Barry 飾)向穆德透露一條消息,稱在波多黎各接收到外星人的電訊。為了在特種部隊之前找到外星人的證據,穆德隻身前往。得知消息的斯科莉趕到穆德住處,從電腦中的旅客名單中找到線索,尾隨來到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯,穆德偶遇一個當地人,並從他手裡得到一幅外星人的畫。但不久後此人便離奇死去。穆德最終能否找到外星人來訪的證據?