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突襲世界的大災難“第二次沖擊”後,世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他,卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下,特務機關NERV的葛成美裡將真嗣救下,並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的,卻是是父親冷酷地命令:駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰鬥。本已表示拒絕的真嗣,看到重傷的替補駕駛員綾波麗後,決定遵從父親的命令。就這樣,從未受過作戰訓練的真嗣,準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。
不斷襲來的使徒,身份不明的綾波麗,從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾,14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲色地觀察一切,一個稱為“人類補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實現。